Con l’invasione dei Goti di Totila la città venne distrutta, tuttavia non cessò di essere popolata, infatti l’abbandono di Egnazia non fu immediato, bensì lento e progressivo. La gente continuò ad abitare in capanne sui resti dell’antica acropoli fortificata, o addirittura in vecchie tombe a camera.
Durante il Medioevo, in oblio alle passate glorie, la residua popolazione si estraneò dalla complessa situazione politica dell’epoca, che vedeva accrescere il conflitto fra Longobardi, la cui capitale era Benevento, e Bizantini, mentre Bari cadeva sotto il dominio arabo che la rendeva capitale di un omonimo emirato nell’883.
Fu nel periodo di tempo compreso fra l’VIII ed il X secolo che nel borgo fu eretto un imponente mastio, che venne ad assumere a tutti gli effetti le funzioni difensive di un castello, oltre a quelle amministrative, intorno al quale si addossarono nuove capanne. Lentamente la città venne abbandonata in seguito all’esodo dei suoi abitanti verso Monopoli e Fasano e le sue vestigia utilizzate come cava da cui attingere materiale per la costruzione di nuove abitazioni nelle su nominate cittadine.
Il fortilizio di Egnazia, da ciò che è possibile evincere, si presentava a pianta quadrangolare con torri della stessa pianta agli angoli ed al suo interno c’era una cappella dotata di abside semicircolare.
Cosimo Enrico Marseglia